雖然自然農法與有機農法擁有相同的生態環境觀點，但其中一個顯著差別就是自然農法在種植過程中毫不使用任何添加物作為肥料，連糞肥也不用。自然農法的指導原則是相信蘊藏在泥土的力量能生產出健康的農作物。農業用化學物質、化學或有機肥料及動物糞肥會污染泥土，損害其蘊藏的能量及削弱植物的自然修復能力。

循環再用是可持續生活方式的重要一環。但自然農法避免使用由傳統農作物或加工食品而來的廚餘作為堆肥，因為其中的化學成分會污染泥土。自然農法食品的廚餘則可以用作堆肥。但任何堆肥、覆蓋農作物或覆蓋物如附近的落葉等，其作用只是令泥土保持鬆軟、溫暖及濕潤，而不是作為添加物或肥料。

我們不把自然界的昆蟲視作害蟲，而雜草亦是同樣道理。出現過多昆蟲破壞植物表示自然失去了平衡。基於自然農法以尊重自然為首的理念，農夫的做法亦有所不同。與其嘗試以有害的殺蟲劑或天然材料抑制害蟲，自然農法主張更全面地了解昆蟲的作用，以及如何維持它們在生態系統中的平衡。例如農地較為細小的農家可以用手移除那些昆蟲或雜草，令它們不會變得過多而破壞植物。農家亦可提早收割容易受蟲害的農作物，或考慮到損失而增加種植的數量。

在自然農法中，農家與自然的關係與對自然的尊重會為耕作的所有方面帶來影響。例如，自然農法農家會：

○ 視植物和泥土為生物而非商品；

○ 以實驗找出最適合該處泥土的農作物，不會因自己的需要而強行種植不合適的品種；

○ 尊重種子的尊貴與純淨，使用每次從收穫中採集的傳統、原生或自然農法種子；

○ 鼓勵連作而非輪作，因為每一代的種子均會進化及適應該處的泥土及環境，而泥土亦會適應該品種的農作物。

作為一種耕作法，自然農法可以：

○ 提供環境上可持續的食物生產方式；

○ 不需要任何添加物、化學物質、肥料或購買種子；

○ 去除因地表逕流而污染泥土、地下水、河川及海洋的風險，亦能避免農作物受化學物質、肥料及糞便的污染；

○ 提倡生物多樣性及健康的泥土，減少土壤侵蝕，加強泥土吸收碳的潛能並減少溫室氣體排放；

○ 由純淨的傳統或原生種子生產出美味健康的農作物，有強的復原能力並能適應氣侯變化；

○ 提倡採種而得到更高質素的種子，並減低成本；

○ 支持本地小型農家，農家與消費者的關係及減低能源消耗。

而自然農法作為與自然和諧共存的生活方式，可以：

○ 透過培養對自然深厚的尊敬，建立可持續生活方式的基礎，並幫助修復人類與環境的關係；

○ 促進信任、感謝與關懷，將其帶入農家和消費者的關係；

○ 教導消費者欣賞自然的豐裕，明白食物安全和糧食保障的重要性；

○ 鼓勵消費者購買、烹調及進食本地的合時食物，尊重遵從自然循環的本地料理及傳統；

○ 鼓勵每個人以自己的方式與大自然重新連繫，欣賞環境及身邊的美；

○ 尊敬傳統農業文化的智慧和食物的價值；

○ 考慮到生產食物在經濟、社會、健康及環境方面的成本；

○ 幫助每個人了解自然的規律和宇宙的法則。

只要有耕地的話便能實踐自然農法。視乎該處的環境，某些農作物可能需要多點時間適應。不過，即使在不合適的氣候條件下，泥土和農作物也會自然地適應。自然農法最重要的原則之一是學習及觀察自然環境。

自然農法的中心理念是以尊重自然為首。意思是要尊敬生命循環及地球生態系統的健全；建立對自然豐裕的感謝；及認同所有生物之間的連繫。當我們基於對自然的理解和尊重而作出決定時，我們的生活便會與自然的運作更加調和。同樣道理可應用於生產和食用本地的合時食物，以及生活的各方面。所以自然農法可說是農家及消費者與自然和諧共存的生活方式。